Neue Coronavirus-Sequenz aus Peking veröffentlicht

Die Sequenzen von drei kürzlich in Peking gesammelten neuen Coronavirus-Proben sind nicht identisch. Dies lässt darauf schließen, dass sich das neue Coronavirus bereits vor ein bis zwei Monaten unbemerkt in Pekinger Gemeinden verbreitet haben könnte.

Geschrieben von | Shi Jun

Die Zahl der bestätigten Fälle weltweit beträgt 8.242.999

Weltweite Todeszahl: 445.535

(Aktuellste Daten zum Redaktionsschluss, Quelle | WHO)

In einem Tagebucheintrag vom 21. April mit dem Titel „Detaillierte Erklärung der Methode zur Verfolgung von Virus-Gensequenzen und zur Untersuchung von Epidemien“ erwähnte ich die gemeinsame Nutzung von Virussequenzen und das Nextstrain-Programm.

Nach dem Ausbruch einer Epidemie sequenzieren Wissenschaftler aus aller Welt die neu gesammelten Virusproben. Aufgrund der Dringlichkeit der Epidemie werden viele Wissenschaftler unveröffentlichte Virusgensequenzen in einige gemeinsam genutzte Datenbanken (wie GISAID) hochladen und sie mit der Welt teilen.

Ein Team von Experten für virale Evolution, darunter Trevor Bedford vom Fred Hutchinson Cancer Research Center in Seattle, hat ein Projekt namens Nextstrain organisiert. Wissenschaftler werden die freigegebenen Virussequenzen so schnell wie möglich in das Backend von Nextstrain herunterladen, diese Sequenzen in die globale Übertragungskarte integrieren und die neuesten Informationen zur genomischen Epidemiologie des neuen Coronavirus auf nextstrain.org veröffentlichen und den Stammbaum des Virus aktualisieren.

Die Nextstrain-Softwareplattform wurde in den letzten Jahren schrittweise weiterentwickelt und verbessert und kam bei Epidemien wie Ebola, Zika und der saisonalen Grippe zum Einsatz. Ziel ist es, die Genom-Epidemiologie im Verlauf einer Epidemie möglichst schnell zum Einsatz zu bringen. Auch in diesem Jahr hält sie sich über die Verbreitung des neuen Coronavirus auf dem Laufenden.

Heute wurden auf dem Twitter-Account von Nextstrain drei neue Coronavirus-Gensequenzen bekannt gegeben, die alle aus Virusproben des jüngsten Ausbruchs in Peking stammen. Die drei Proben wurden am 11. Juni 2020 gesammelt, zwei von infizierten Personen und eine aus einer Umweltprobe. Schnell sequenziert vom National Institute of Viral Disease Control and Prevention (NIVDC), Chinese Center for Disease Control and Prevention und in GISAID geteilt.

Diese drei Sequenzen fallen in einen evolutionären Cluster, der viele Proben aus Europa umfasst (Abbildung 1, obere und untere Tafeln), und unterscheiden sich stark von den genetischen Sequenzen der drei Viren, die am 19. und 20. März 2020 nach Peking importiert und als Proben entnommen wurden.

Abbildung 1: Globaler Stammbaum des Coronavirus. Das obere Diagramm verwendet die Probenahmezeit als horizontale Achse und das untere Diagramm verwendet die Anzahl der Mutationen als horizontale Achse. (Zum Vergrößern anklicken)

Im globalen Rahmen kommen die Sequenzen, die diesen drei Peking-Sequenzen am nächsten kommen, aus der Tschechischen Republik, Taiwan, China, Griechenland und Portugal (Abbildung 2). Da Nextstrain kürzlich viele sich wiederholende Sequenzen in seiner Datenbank optimiert hat, ist immer noch unklar, woher das Virus in Peking stammt.

Abbildung 2 (zum Vergrößern anklicken)

Betrachtet man die regionale Verteilung im asiatischen Rahmen (Abbildung 3), so liegt die Reihenfolge Pekings sehr nah an der Reihenfolge der Tschechischen Republik, Taiwans, Dänemarks, Kolumbiens, Israels und Österreichs.

Abbildung 3 (zum Vergrößern anklicken)

Im europäischen Rahmen (Abbildung 4) ist die Sequenz aus Peking den Sequenzen aus vielen europäischen Ländern wie der Tschechischen Republik und Dänemark sehr ähnlich und unterscheidet sich nur durch eine Mutation von den genetischen Sequenzen aus Portugal und Schweden.

Abbildung 4 (zum Vergrößern anklicken)

Basierend auf einer genetischen Sequenzanalyse ist das neue Coronavirus, das sich kürzlich in Peking verbreitet hat, daher mit dem in Europa weit verbreiteten Virus verwandt. Da es jedoch Ähnlichkeiten mit Sequenzen in vielen Ländern gibt, ist noch immer unklar, wo es seinen Ursprung haben könnte und wann es in Peking eingeführt wurde.

Und schließlich, und das ist das Wichtigste: Obwohl die drei Virus-Gensequenzen in Peking ähnlich sind, sind sie nicht gleich. Zwischen Probe (1) und den Proben (2, 3) liegen bereits zwei Mutationen vor (Abbildung 5). Die erste Schrittmutation (A29694C) ist in beiden Proben (2 und 3) vorhanden, aber die zweite Schrittmutation ist unterschiedlich (C12085T und A11910G). Dies deutet darauf hin, dass sich das neue Coronavirus möglicherweise schon seit einiger Zeit vor dem Ausbruch unbemerkt in den Pekinger Gemeinden verbreitet hat. Da die Mutationsrate des neuen Coronavirus nicht schnell ist, mutiert es im Durchschnitt zweimal pro Monat. Wenn der Ausbruch an einem einzigen Punkt (Xinfadi-Markt) innerhalb eines kurzen Zeitraums stattgefunden hat, ist die genetische Sequenz des Virus wahrscheinlich dieselbe.

Abbildung 5 (zum Vergrößern anklicken)

Ich habe dies in meinem vorherigen Tagebuch erwähnt (siehe „Öffnen der Särge für Autopsien: Wann traten die Coronavirus-Infektionen in verschiedenen Ländern auf? | 117 Beobachtungen zur Epidemie“). In vielen Teilen der Welt, beispielsweise in Seattle und New York in den Vereinigten Staaten, Paris in Frankreich usw., verbreitete sich das Coronavirus ein bis zwei Monate lang unbemerkt in der Gesellschaft, ohne dass die Menschen es bemerkten, bevor es zu einem großflächigen Ausbruch kam. Die Übertragung des neuen Coronavirus in der Bevölkerung Pekings könnte vor ein bis zwei Monaten begonnen haben.

Verweise

https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1273642115826880512